iOS, FHIR e IRIS for Health
Swift-FHIR-Iris
Aplicativo iOS para exportar dados HealthKit para o InterSystems IRIS for Health (ou qualquer repositório FHIR)
Índice
Objetivo desta demonstração
O objetivo é criar uma demonstração de ponta a ponta do protocolo FHIR.
O que quero dizer com de ponta a ponta é, de uma fonte de informação como um iPhone. Colete seus dados de saúde no formato Apple (HealthKit), transforme-os em FHIR e envie para o repositório InterSystems IRIS for Health.
Essas informações devem ser acessíveis por meio de uma interface web.
iPhone -> InterSystems FHIR -> Página Web.
Como executar esta demonstração
Pré-requisitos
-
Para a parte do cliente (iOS)
- Xcode 12
-
Para o servidor e aplicativo web
- Docker
Instale o Xcode
Não há muito o que falar aqui, abra a AppStore, procure por Xcode, instale.
Abra o projeto SwiftUi
Swift é a linguagem de programação da Apple para iOS, Mac, Apple TV e Apple Watch. É o substituto do objective-C.
Clique duas vezes em Swift-FHIR-Iris.xcodeproj
Abra o simulador clicando na seta superior esquerda.
Configure o simulador
Vá em Health
Clique em Steps
Add Data
Inicie o servidor InterSystems FHIR
Na pasta raiz deste git, execute o seguinte comando:
docker-compose up -d
No final do processo de construção, você será capaz de se conectar ao repositório FHIR:
http://localhost:32783/fhir/portal/patientlist.html
Este portal foi feito por @diashenrique.
Com algumas modificações para lidar com os passos de atividade da Apple.
Brinque com o aplicativo iOS
O aplicativo primeiro solicitará que você aceite o compartilhamento de algumas informações.
Clique em authorize
Então você pode testar o servidor FHIR clicando em 'Save and test server'
As configurações padrão apontam para a configuração do docker.
Se tiver sucesso, você pode inserir as informações do seu paciente.
Nome, Sobrenome, Aniversário, Gênero.
Salve o paciente para FHIR. Um pop-up mostrará seu ID FHIR único.
Consulte este paciente no portal:
Acesse: http://localhost:32783/fhir/portal/patientlist.html
Podemos ver aqui, que há um novo paciente "toto" com 0 atividades.
Envie suas atividades:
Volte para o aplicativo iOS e clique em Step count
Este painel resume a contagem de passos da semana. No nosso caso, 2 entradas.
Agora você pode enviá-los para o InterSystems IRIS FHIR clicando em enviar.
Consulte as novas atividades no portal:
Podemos ver agora que o Toto tem duas novas observações e atividades.
Você pode eventualmente clicar no botão do gráfico para exibi-lo como um gráfico.
Como funciona
iOS
A maior parte desta demonstração é construída em SwiftUI.
https://developer.apple.com/xcode/swiftui/
Que é o framework mais recente para iOS e co.
Como verificar a autorização para dados de saúde
Ele está na classe SwiftFhirIrisManager.
Esta classe é um singleton e estará carregando todo o aplicativo com a anotação @EnvironmentObject.
Mais informações em: https://www.hackingwithswift.com/quick-start/swiftui/how-to-use-environmentobject-to-share-data-between-views
O método requestAuthorization:
// Solicita autorização para acessar o HealthKit.
func requestAuthorization() {
// Solicitando autorização.
/// - Tag: RequestAuthorization
let writeDataTypes: Set<HKSampleType> = dataTypesToWrite()
let readDataTypes: Set<HKObjectType> = dataTypesToRead()
// pedido de autorização
healthStore.requestAuthorization(toShare: writeDataTypes, read: readDataTypes) { (success, error) in
if !success {
// Trata o erro aqui.
} else {
DispatchQueue.main.async {
self.authorizedHK = true
}
}
}
}
Onde healthStore é o objeto de HKHealthStore().
O HKHealthStore é como um banco de dados de dados de saúde no iOS.
dataTypesToWrite e dataTypesToRead são os objetos que gostaríamos de consultar no banco de dados.
A autorização precisa de um propósito e isso é feito no arquivo xml Info.plist adicionando:
<key>NSHealthClinicalHealthRecordsShareUsageDescription</key>
<string>Read data for IrisExporter</string>
<key>NSHealthShareUsageDescription</key>
<string>Send data to IRIS</string>
<key>NSHealthUpdateUsageDescription</key>
<string>Write date for IrisExporter</string>
Como conectar a um repositório FHIR
Para esta parte usei o pacote FHIR do Smart-On-FHIR: https://github.com/smart-on-fhir/Swift-FHIR
A classe usada é a FHIROpenServer.
private func test() {
progress = true
let url = URL(string: self.url)
swiftIrisManager.fhirServer = FHIROpenServer(baseURL : url! , auth: nil)
swiftIrisManager.fhirServer.getCapabilityStatement() { FHIRError in
progress = false
showingPopup = true
if FHIRError == nil {
showingSuccess = true
textSuccess = "Connected to the fhir repository"
} else {
textError = FHIRError?.description ?? "Unknow error"
showingSuccess = false
}
return
}
}
Isso cria um novo objeto fhirServer no singleton swiftIrisManager.
Em seguida, usamos getCapabilityStatement()
Se pudermos recuperar a declaração de capacidade do servidor FHIR, isso significa que nos conectamos com sucesso ao repositório FHIR.
Este repositório não está em HTTPS, por padrão, a apple bloqueia este tipo de comunicação.
Para permitir o suporte HTTP, o arquivo xml Info.plist pode ser editado assim:
<key>NSAppTransportSecurity</key>
<dict>
<key>NSExceptionDomains</key>
<dict>
<key>localhost</key>
<dict>
<key>NSIncludesSubdomains</key>
<true/>
<key>NSExceptionAllowsInsecureHTTPLoads</key>
<true/>
</dict>
</dict>
</dict>
Como salvar um paciente no repositório FHIR
Operação básica verificando primeiro se o paciente já existe no repositório
Patient.search(["family": "(self.lastName)"]).perform(fhirServer)
Isso pesquisa por paciente com o mesmo sobrenome.
Aqui, podemos imaginar outros cenários, como token Oauth2 e JWT para unir o patientid e seu token. Mas para esta demonstração, mantemos as coisas simples.
Em seguida, se o paciente existe, nós o recuperamos, caso contrário, criamos o paciente:
func createPatient(callback: @escaping (Patient?, Error?) -> Void) {
// Cria um novo paciente
let patient = Patient.createPatient(given: firstName, family: lastName, dateOfBirth: birthDay, gender: gender)
patient?.create(fhirServer, callback: { (error) in
callback(patient, error)
})
}
Como extrair dados do HealthKit
Isso é feito consultando o healthkit Store (HKHealthStore())
Aqui nós estamos consultando os passos.
Prepare a consulta com o predicado.
//Semana passada
let startDate = swiftFhirIrisManager.startDate
//Agora
let endDate = swiftFhirIrisManager.endDate
print("Collecting workouts between \(startDate) and \(endDate)")
let predicate = HKQuery.predicateForSamples(withStart: startDate, end: endDate, options: HKQueryOptions.strictEndDate)
Em seguida, a própria consulta com seu tipo de dados (HKQuantityType.quantityType(forIdentifier: .stepCount)) e o predicado.
func queryStepCount(){
//Semana passada
let startDate = swiftFhirIrisManager.startDate
//Agora
let endDate = swiftFhirIrisManager.endDate
print("Collecting workouts between \(startDate) and \(endDate)")
let predicate = HKQuery.predicateForSamples(withStart: startDate, end: endDate, options: HKQueryOptions.strictEndDate)
let query = HKSampleQuery(sampleType: HKQuantityType.quantityType(forIdentifier: .stepCount)!, predicate: predicate, limit: HKObjectQueryNoLimit, sortDescriptors: nil) { (query, results, error) in
guard let results = results as? [HKQuantitySample] else {
return
}
process(results, type: .stepCount)
}
healthStore.execute(query)
}
Como transformar dados HealthKit em FHIR
Para esta parte, usamos o pacote Microsoft HealthKitToFHIR
https://github.com/microsoft/healthkit-to-fhir
Este é um pacote útil que oferece factories para transformar HKQuantitySample em FHIR Observation
let observation = try! ObservationFactory().observation(from: item)
let patientReference = try! Reference(json: ["reference" : "Patient/(patientId)"])
observation.category = try! [CodeableConcept(json: [
"coding": [
[
"system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/observation-category",
"code": "activity",
"display": "Activity"
]
]
])]
observation.subject = patientReference
observation.status = .final
print(observation)
observation.create(self.fhirServer,callback: { (error) in
if error != nil {
completion(error)
}
})
Onde item é um HKQuantitySample, em nosso caso, um tipo stepCount.
O factory faz a maioria do trabalho de converter 'unit' e 'type' para FHIR codeableConcept e 'value' para FHIR valueQuantity.
A referência ao PatientId é feita manualmente, lançando uma referência json fhir.
let patientReference = try! Reference(json: ["reference" : "Patient/(patientId)"])
O mesmo é feito para a categoria:
observation.category = try! [CodeableConcept(json: [
"coding": [
[
"system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/observation-category",
"code": "activity",
"display": "Activity"
]
]
])]
Por fim, a observação é criada no repositório fhir:
observation.create(self.fhirServer,callback: { (error) in
if error != nil {
completion(error)
}
})
Backend (FHIR)
Não há muito a dizer, é baseado no modelo fhir da comunidade InterSystems:
https://openexchange.intersystems.com/package/iris-fhir-template
Frontend
É baseado no trabalho de Henrique, que é um bom front end para repositórios FHIR feitos em jquery.
https://openexchange.intersystems.com/package/iris-fhir-portal